穆念慈在杨康死后没多久就殉情而亡了。
穆念慈和杨康一起去寻找郭靖,却不幸被全真教的人发现并带走。之后黄蓉假扮穆念慈出来打败全真七子救下杨康,但是她也因此受伤昏迷不醒。而这时候杨康已经被马钰等人认定为杀父仇人,他虽然对自己所做的事情感到愧疚,但还是执意要拜在全真门下学习武功以报仇雪恨。穆念慈知道了这件事情之后十分痛苦,但又无法劝阻丈夫,只能将希望寄托于女儿身上。当杨过长大成人,听说母亲因为自己惨遭马钰的毒手,便离开古墓前往全真教找马钰报仇。最终与全真派高手比试,取得胜利。