故事发生在前作的30年后,地球上人类已经灭绝。一个神秘组织找到了一艘坠毁在外星球的飞船,并把它带回来进行研究。科学家们对这艘飞船进行了研究和改造,将其命名为“领航员”号。随着研究工作的深入,他们惊讶地发现这艘飞船有自己的意识,能够自主地在宇宙中航行。而且它还拥有强大的武器系统,可以轻易消灭一支舰队。领航员”号在宇宙中发现了一颗有适合人类居住的星球,于是便向那里进发。但是它在途中遇到了人类前所未见的强大敌人—巨型外星人。经过一番激战,外星人被彻底消灭,而领航员”号也遭受重创,最终不得不降落在地球上。